À l'origine, tout le caoutchouc était produit à partir du latex de trois espèces d'arbres amazonien (Hevea brasiliensis, Hevea guyanensis et Castilloa elastica). À la fin du 19e siècle, la demande de substance étanche et élastique pour les pneumatiques par les nations industrialisées a conduit au boom du caoutchouc.

Le boom péruvien commença dans le nord du pays, où il conditionna le
développement de villes portuaires comme Iquitos et Yurimaguas. Il n'arriva pas à Madre de Dios avant le début du 20e siècle, l'accès à la région étant très difficile.

Dans les années 1880, les efforts de Carlos Fitzcarrald parvinrent à joindre le système de rivière d'Urubamba à celui de Manu, rendant ainsi possible l'accès aux forêts du Sud par le Nord. La première ère de colonisation avait commencé. Le coût du transport resta toutefois élevé jusqu'à ce qu'une route transandine fut ouverte en 1906 de Puno à Astillero dans la partie haute de Tambopata. L'extraction du caoutchouc s'intensifia alors et Madre de Dios devint un producteur majeur, responsable de 23% de la production péruvienne totale en 1915.

Le boom du caoutchouc s'acheva aussi soudainement qu'il avait commencé avec le développement de plantations de caoutchouc en Asie grâce à des graines volées par l'Anglais Henry A. Wickham en 1876. L'importance de la région déclina rapidement et les ouvriers quittèrent Madre de Dios par milliers.